유학의 교육은 서양의 교육론과 다소 차이가 있다. 가르치면서 행하고, 행하면서 배운다는 취지에서 볼 때 자신을 수양하는 수기를 더욱 강조하고 있다는 것이다. 남명의 교학내용은 《학기》 에 가장 많이 실려 있다. 이 책은 남명이 성리학을 탐구하면서 함양한 공부의 주요 학습내용을 정리한 것이다. 남명은 일찍부터 나라의 안위를 염려하면서도, 산사에서 독서를 통해 선인들의 언행을 고찰하였다. 따라서 《학기》 는 선현의 사상을 스스로 깨달아 얻은 바를 자신의 사상으로 체득한 학문적 의지의 소산이라 하겠다. 《학기》에서 주로 논구한 교학사상은 경의의 학문을 구하는 방법에 있다. 이것은 그의 주된 교육론이 경의임을 알게 한다.
김우옹이 경연관으로 있으면서 나눈 선조와의 대화는 남명의 교육론을 살피는데 중요한 정보를 제공한다. 김우옹이 선조에게 《서경》을 강하는 자리에서 선조는 남명이 어떤 사람인지를 물었다. 그러면 당ㅅ; 대화내용을 들여다 보자.
임금이 우옹에게 물었다.
"그대는 조식에게서 수업하였으니 반드시 들은 것이 있을 것이다. 또 그대를 보면 학문이 독실한 듯하니, 평소에 공부한 학문을 아뢰라. 내 들어 보겠노라."
김우옹이 황공하여 아뢰었다.
"신은 젊어서 대강 들은 것이 있고, 또 10년 동안 부지런히 애써 학문에 종사하였으나 자질이 어리석고 학문이 얕아서 조금도 터득한 것이 없습니다. 학문하는 방도는 마음을 모아야 한다고 생각됩니다. 선유는 '경으로 한마음을 거두어 들이는 것일 뿐이다'라고 하였고, '이 한 자가 곧 지극히 요약된 것이다'라고 하였습니다.